岩土工程研究所作为交通学院下属机构，实行系、所、中心合一的管理体制，即：岩土工程研究所、地下工程系、东南大学城市地下空间研究中心，江苏省城市地下工程与环境安全重点实验室，研究所下设学科带头人、所长、书记、副所长、教学主任、办公室、实验室，并有产业服务机构——南京东大岩土工程勘察设计研究院有限公司。岩土工程研究所试验室负责全所实验设备的管理，承担实验教学任务和科研项目试验。